En un claro reflejo de su fascinación por el reino animal y su deseo de crear un espacio paradisíaco, Michael incorporó un pequeño zoológico dentro de Neverland. Allí coexistían más de cincuenta especies, incluyendo jirafas, elefantes, tigres, reptiles, aves y primates
Uno de los residentes más célebres fue Bubbles, un chimpancé nacido en 1983, adquirido por Jackson hacia finales de los 80. Bubbles vivió inicialmente en la casa familiar en Encino, y en 1988 fue trasladado al rancho, donde participaba en la vida cotidiana —comía golosinas en el cine, dormía en una cuna en el dormitorio de Jackson y, según declaraciones del cantante, colaboraba en las tareas domésticas. Sin embargo, con el paso del tiempo, el creciente temperamento de Bubbles llevó a su traslado en 2005 a un santuario en Florida, donde permanece bajo cuidados especializados.

Además de Bubbles, el rancho acogía una variada colección: elefantes como Ali, Gypsy (regalo de Elizabeth Taylor), un grupo de jirafas, tigres, orangutanes, serpientes exóticas, cocodrilos y aves tropicales, entre otros. Este conjunto era exhibido en un entorno que incluía un granero reconvertido en herpetario para serpientes y reptiles.
No obstante, el zoo no estuvo exento de controversias. Organizaciones y ex empleados señalaron que algunos recintos resultaban insuficientes para las necesidades de animales de gran tamaño, como elefantes y jirafas. En palabras de Carol Davis, ex directora de la Companion Animal Protection Society:
Animals were incarcerated there… it was no fairytale for the animals

Reportes de Ross Kemp en el documental Searching for Michael Jackson’s Zoo relatan que los animales habían sido traídos de proveedores cuestionables y que se emplearon métodos como el uso del bullhook —herramienta prohibida en varios estados— para su manejo. Las condiciones precarias derivaron en muertes prematuras: jirafas, elefantes e incluso ataques mortales por cierres accidentales o incendios en establos.
Frente a estas críticas, el Dr. Martin Dinnes, veterinario residente en Neverland, defendió las prácticas de cuidado institucional, argumentando que los animales “estaban en buenas condiciones” y que se habían construido instalaciones arquitectónicamente adecuadas.
A raíz de los escándalos legales en 2004, Jackson se distanció del rancho y procedió a donar o reubicar a los animales. Bubbles fue el primero en partir, seguido por los demás, reasentados en santuarios, zoológicos o protegidos por organizaciones conservacionistas
El zoológico de Neverland proyectó la imagen de una utopía animal, un refugio donde las especies convivían en armonía junto al ser humano. Sin embargo, la realidad de ciertas condiciones, la carestía de protocolos rigurosos y los testimonios posteriores mostraron que detrás de esa intención se mezclaban cuidados con controversias. Aun así, no puede desconocerse el impulso de Jackson por rodearse de lo salvaje como una forma de contacto íntimo y nostálgico.